Ο Στάθης Ξαφάκος γεννήθηκε το 1980 και κατάγεται από την Πετραία Σκύδρας του Νομού Πέλλας. Αποφοίτησε από το Γενικό Λύκειο Σκύδρας και σπούδασε στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
Είναι κάτοχος μεταπτυχιακού διπλώματος και υποψήφιος διδάκτορας στην Οργάνωση και Διοίκηση της Εκπαίδευσης στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.
Έχει συμμετάσχει ως εισηγητής σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια, όπως ακόμη έχει δημοσιεύσει επιστημονικά άρθρα σε διεθνή και ελληνικά περιοδικά σχετικά με τη σχολική ηγεσία, το σχολείο ως οργανισμός που μαθαίνει και το καινοτομικό σχολικό κλίμα.
Εργάζεται ως δάσκαλος από το 2006.
Ζει με τη σύζυγό του, Μαρία, και τον γιο τους, Γιώργο, στα Γιαννιτσά.